Östersjöcentrum fokuserar på vetenskapliga frågor som är betydelsefulla för förståelse och förvaltning av Östersjön och dess avrinningsområde. Det kan vara analyser och synteser på alla skalnivåer, från enskilda vikar till Stockholms skärgård och upp till hela östersjöskalan. Östersjöcentrums forskare arbetar för att öka kunskapen om viktiga processer i kustområdet, bedöma hur miljötillståndet utvecklas och utvärdera effektiviteten av olika åtgärder.
I detta vetenskapliga arbete är modeller av olika slag ofta en viktig grund. De används bland annat för att bistå andra som arbetar med att förvalta havsmiljön med beslutsunderlag. Hos oss finns t ex Baltic Nest Institute Sverige (BNI), som har som uppdrag att bistå HELCOM med vetenskapliga underlag och med att beräkna utsläppstak för kväve och fosfor inom HELCOM Baltic Sea Action Plan.